The application shown in the previous article has been upgraded as follows:
This is an enlightenment application to deal with the new coronavirus. The app simulated the spread of the infection based on what percentage of infected people moved for commuting or entertainment. You can watch the video in three cases. Watch this video and fight without loosing your defenses against the virus.
I am a professor emeritus of CS at Kanagawa Institute of Technology, Japan. Originally my specialty was parallel and distributed systems. My current interests include machine learning, natural language processing, creating mobile apps with MIT App Inventor, and quantum computing. In the web version of this blog, clicking the icon on the right (a plastic sphere) will take you to the "List of Quantum Computing Articles". - Fujio Yamamoto (for e-mail, add "@ieee.org" after "yamamotof")
2020年4月4日土曜日
2020年3月29日日曜日
新型コロナウィルス:simple is (the) bestな解説
難しそうなことのポイントを、専門知識を前提とせずに、優しく、丁寧に、かつ簡潔に解説してほしい。それは誰もが思うことです。新型コロナウィルス関係で、私が感じ入ったそのような解説3例 (A), (B), (C)をご紹介したいと思います。
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【追記】山中伸弥教授のホームページ[1]に書かれた「5つの提言 2020-3-31」を拝見し、下記のうちの最後の解説(C)について、小生のおもいを追加します。確かに、数学的には解説(C)の内容は納得できますが、山中教授の提言どおり、今はそう言っている場合じゃない。検査態勢を拡充し、徹底的に検査すべき段階なのかも知れません。専門家のひとりがおっしゃっていましたが、「今日正しいと思っていることが、明日は違っている」と言う状況なのかも知れません。
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(A)コロナウィルスの仕組みについてのやさしい解説
新型コロナウィルスに関する山中伸弥教授のホームページ[1]のなかで紹介されている「動画で学ぶ」のひとつに、免疫研究者(スタンフォード大学中内研究室の新妻耕太氏)によるユニークな、やさしく本質に迫る解説[2]があります。「やさしいコロナウィルス解説-専門用語全然使わないチャレンジ-」というタイトルにふさわしいものです。約3分間のビデオ8本のシリーズとなっています。あっというまに、引きつけられて全部観てしまいました。特徴をとらえた大胆なイラストを用いて、コロナウィルスとは何か、どうやって体内入り増殖するのか、人-人感染の仕組みとは、等々を理解することができます。素晴らしい!さらに感心したのは、日本政府の専門家会議の報告にある3つの「密」を避けることもいち早く取り入れ、警鐘を鳴らしている点です。
(B)なぜ家に留まるべきなのかを、ずばりひとつのGIF画像で解説
世界的に新型コロナウィルスが猛威をふるい感染が拡大している状況において、Sigal Samuel[3]は、「なぜ家に留まるべきなのか」を的確に説明しています。使っているのは一つのGIF画像(少しづつ変わる34枚の画像で構成)だけです。これが、ずばり、その根拠を示してくれます。単純な画像であるがゆえに、インパクトがあります。これも素晴らしいですね。基本的な用語Ro(基本再生産数)の説明も交えながら、(英語ですが)やさしい説明文もよいと思います。
(C)検査をむやみに行っても意味がないことを、やさしい数学で解説
コロナウィルス感染の拡大状況にあって、もっとどんどん検査をやるべきという論調も見受けられるのですが、このビデオ[4]をご覧いただければ、そうではないなあ、と納得できるのではないでしょうか。ただし同時に、ある程度疑わしい人に絞って検査することの重要性も説いています。「ベイズの定理」という用語には意図的に触れていないようです。それは分数の計算だけで、「条件付き確率」の意味をやさしく伝えたいということだと思いました。数学から遠のいてしまった大人はもちろん、小中学生でも理解できるのではないでしょうか。(小生は、小中学の数学に疎いのでまちがいかもしれませんが)Youtubeをこんな風に有効に活用できるという好例でもあります。
参考資料
[1] 山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信
https://www.covid19-yamanaka.com
[2] 新型コロナウイルス感染を理解するためのやさしい生物学-新妻免疫塾
https://www.youtube.com/watch?v=yM9wCG23iQ0&list=PLhZK0Os7ExEEP3wydYgVJnYw3eD3uQvv4
[3] Sigal Samuel:How you can keep thousands of people from getting coronavirus, in one GIF
https://www.vox.com/future-perfect/2020/3/26/21193851/coronavirus-covid-19-staying-home-social-distancing
[4] むやみな検査を行ってはいけない理由、数学的に説明します【条件付き確率】
https://www.youtube.com/watch?v=67FGN9RKmqw
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【追記】山中伸弥教授のホームページ[1]に書かれた「5つの提言 2020-3-31」を拝見し、下記のうちの最後の解説(C)について、小生のおもいを追加します。確かに、数学的には解説(C)の内容は納得できますが、山中教授の提言どおり、今はそう言っている場合じゃない。検査態勢を拡充し、徹底的に検査すべき段階なのかも知れません。専門家のひとりがおっしゃっていましたが、「今日正しいと思っていることが、明日は違っている」と言う状況なのかも知れません。
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(A)コロナウィルスの仕組みについてのやさしい解説
新型コロナウィルスに関する山中伸弥教授のホームページ[1]のなかで紹介されている「動画で学ぶ」のひとつに、免疫研究者(スタンフォード大学中内研究室の新妻耕太氏)によるユニークな、やさしく本質に迫る解説[2]があります。「やさしいコロナウィルス解説-専門用語全然使わないチャレンジ-」というタイトルにふさわしいものです。約3分間のビデオ8本のシリーズとなっています。あっというまに、引きつけられて全部観てしまいました。特徴をとらえた大胆なイラストを用いて、コロナウィルスとは何か、どうやって体内入り増殖するのか、人-人感染の仕組みとは、等々を理解することができます。素晴らしい!さらに感心したのは、日本政府の専門家会議の報告にある3つの「密」を避けることもいち早く取り入れ、警鐘を鳴らしている点です。
新妻耕太氏のYoutube動画[2]より引用
(B)なぜ家に留まるべきなのかを、ずばりひとつのGIF画像で解説
世界的に新型コロナウィルスが猛威をふるい感染が拡大している状況において、Sigal Samuel[3]は、「なぜ家に留まるべきなのか」を的確に説明しています。使っているのは一つのGIF画像(少しづつ変わる34枚の画像で構成)だけです。これが、ずばり、その根拠を示してくれます。単純な画像であるがゆえに、インパクトがあります。これも素晴らしいですね。基本的な用語Ro(基本再生産数)の説明も交えながら、(英語ですが)やさしい説明文もよいと思います。
Sigal Samuel[3]の解説から引用
(C)検査をむやみに行っても意味がないことを、やさしい数学で解説
コロナウィルス感染の拡大状況にあって、もっとどんどん検査をやるべきという論調も見受けられるのですが、このビデオ[4]をご覧いただければ、そうではないなあ、と納得できるのではないでしょうか。ただし同時に、ある程度疑わしい人に絞って検査することの重要性も説いています。「ベイズの定理」という用語には意図的に触れていないようです。それは分数の計算だけで、「条件付き確率」の意味をやさしく伝えたいということだと思いました。数学から遠のいてしまった大人はもちろん、小中学生でも理解できるのではないでしょうか。(小生は、小中学の数学に疎いのでまちがいかもしれませんが)Youtubeをこんな風に有効に活用できるという好例でもあります。
条件付き確率に関するYoutubeビデオ[4]より引用
参考資料
[1] 山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信
https://www.covid19-yamanaka.com
[2] 新型コロナウイルス感染を理解するためのやさしい生物学-新妻免疫塾
https://www.youtube.com/watch?v=yM9wCG23iQ0&list=PLhZK0Os7ExEEP3wydYgVJnYw3eD3uQvv4
[3] Sigal Samuel:How you can keep thousands of people from getting coronavirus, in one GIF
https://www.vox.com/future-perfect/2020/3/26/21193851/coronavirus-covid-19-staying-home-social-distancing
[4] むやみな検査を行ってはいけない理由、数学的に説明します【条件付き確率】
https://www.youtube.com/watch?v=67FGN9RKmqw
ラベル:
Bayes' theorem,
Corona Virus,
山中伸弥教授
2020年3月24日火曜日
Visualizing the progress of virus infection (No.1)
Notice:On 2020-3-25, the following content was released as an Android app to the MIT App Inventor Gallery.
ai2.appinventor.mit.edu/?galleryId=4888454785269760
This article is written in Japanese. If you want to read in English, please use Google Translate, Microsoft Translator, and so on.
Click here for a description of the new version (on 2020-4-4).
【要旨】新型コロナウイルス感染症対策専門家会議の報告を理解するために、マルチエージェントを用いて、感染状況の可視化を試みました。
■感染症流行の基礎知識を得る
今回の新型コロナウィルスを含む感染症流行の詳細な予測数理モデルは、文献[1]等にあります。微分方程式を用いた難しい説明もありますが、「基本再生産数」「実効再生産数」など基礎知識は得られると思います。また、資料[3]には、「集団免疫」の考え方の解説や、感染状況のビジュアル化が示されており、非常に参考になりました。資料[4]には、現状のとらえ方と今後の警戒の引き締め等が分かりやすく書かれています。
■日本国内の状況の理解
上記から基礎知識を得たとはいえ、小生は全くの素人なので、以下の記述には誤解や間違いがあるかも知れません。それを前提で書かせていただきます。「新型コロナウイルス感染症対策専門家会議」の報告[2]とそれに関する優れた解説[3]を読んで、小生が理解したポイントは以下のとおりです。
(1)なんとか持ちこたえている。この感染症を一定の制御下に置くことができている。
(2)国内で感染が確認された人のうち約80%の人は、他の人に感染させていない。
(3)このウィルス実効再生産数は現在0.7程度に抑えられており、これまでの対策が一定の効果を発揮している。
(4)今後、どこかの地域を発端とした感染爆発の可能性もある。継続した警戒、対策が不可欠。
図1に、上記項目(2)と項目(3)の状況をビジュアル化しています。ある集団に、感染者が3名が発生したとします。このうち、例えば感染者(A)は、近隣の3名に感染させ、そのうちの1名はさらに他の人へ感染を広げています。残りの2名はその後他人に感染させることはありませんでした。感染者(A)、(B)、(C)とも、最大でも数名の第三次感染者を出したところで拡大は停止しています。これは、発症に対して、隔離や治療が適切に行われた効果を反映しています。
この図では、感染者のうちで他人へ感染させなかった人の割合は83%になります。また、実効再生産数は0.78であり、上記項目(2)、項目(3)の数値にほぼ合致しています。したがって、本図は、現在の実際の感染状況を理解するのに役立つのではないかと思います。
■感染爆発する状況もビジュアライズ
感染の本格的なシュミレータなど([5][6])も様々作成されています。ここでは、もっと単純に感染状況を可視化したいので、自作することにしました。それには、かって利用していたNetLogo(マルチエージェントモデリング開発環境)[7]を使います。ある大学の情報工学科のブログ記事[8]に、「ないものは作るしかない、ということで(似て非なるものはありますが)、作りました」という言葉があり、それに触発されて作りました。
図1は、作成したプログラムを使ったものです。このプログラム(モデル)の仕組みは非常に単純であり、以下のような枠組みです。
(a)感染者の発したウィルスは、近隣(N,NE,E,SE,S,SW,W,NW)の人に一定の確率(Th1)で達する。
(b)ウイルスが到着した場合、その人は一定の確率(Th2)で感染する。
(c)感染した場合でも、一定の確率(Th3)でそれ以上他人に感染させることはない。
(d)感染までの期間、持続期間や移動による影響などは考慮していない。
(ただし、改訂版アプリ-2020-4-4では、感染者の移動も考慮しました。)
(e)単位時間毎に、感染するかしないかは、単純にパラメータ(a),(b),(c)で決まる。
この図1は、感染対策が行き届いている状況を反映するように、パラメータ(Th1, Th2, Th3)を設定して実行した結果です。つまり、上記で理解した項目(2)と項目(3)の数値に近づくようにパラメータ調整したものです。その結果が妥当であれば、次に、感染対策を怠った(あるいはかなり緩和させた)場合の感染爆発も、これらのパラメータ調整で表現できるのではないでしょうか。あまり確信はありませんが。
■シミュレーションの実行例
以上の検討にもとづき、2つのケースのシミュレーションを行いました。図2は、両方に共通の開始時点の様子です。人口834名の集団に6名の感染者が発生している状態から出発します。
図3は、感染対策が功を奏している場合であり、上に示した図1は、この図の一部です。短いビデオも添付しました。
図4は、不運にも感染爆発してしまったケースです。資料[3]によれば、ドイツのメルケル首相は、「対策を取らなかった場合、ドイツ国民の60%〜70%が新型コロナウイルスに感染する可能性がある」と述べたとのことです。メルケル首相は物理学者でもあったので、その発言には根拠があるはずです。実際、基本的な計算式に当てはめると、基本再生産数3の場合(新型コロナウィルスがこれに該当)、初期に免疫を持った人がおらず、何も対策をとらない場合、感染者が集団免疫となり収束するまでに、全人口の67%が感染するとのことです。図4の結果は、感染爆発が収束するまでに、69%の人が感染することを示しおり、(偶然でしょうが)この数値に良く合致します!?
以上、極めて単純なシミュレーション(というよりも状況の可視化)ですが、ご参考になる点があれば幸いです。
参考資料
[1]西浦博、稲葉寿:感染症流行の予測:感染症数理モデルにおける定量的課題、数理統計第54巻第2号、pp. 461-480、統計数理研究所(2006)
[2]「新型コロナウイルス感染症対策の状況分析・提言」(2020/3/19)
新型コロナウイルス感染症対策専門家会議
https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/000610566.pdf
[3]浦島充佳:日本で新型コロナが「感染爆発」しない理由(2020/03/19
https://forbesjapan.com/articles/detail/33158/1/1/1
[4]忽那賢志:新型コロナのオーバーシュート(感染者の爆発的増加)を起こさないために我々にできることは?
https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/20200322-00169120/
[5]Marco J. de Vries:Virus2
http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/community/Virus2
[6]Yang, C. and Wilensky, U: epiDEM Travel and Control
https://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/epiDEMTravelandControl
[7]山本富士男:マルチエージェントシステム構築のためのNetLogoを学ぶ
https://sites.google.com/site/yamlabnetlogo/
[8]神奈川工科大学情報工学科ブログ記事「ただいま、仕込み中」
http://blog.cs.kanagawa-it.ac.jp/2020/03/blog-post_19.html
ai2.appinventor.mit.edu/?galleryId=4888454785269760
Click here for a description of the new version (on 2020-4-4).
【要旨】新型コロナウイルス感染症対策専門家会議の報告を理解するために、マルチエージェントを用いて、感染状況の可視化を試みました。
■感染症流行の基礎知識を得る
今回の新型コロナウィルスを含む感染症流行の詳細な予測数理モデルは、文献[1]等にあります。微分方程式を用いた難しい説明もありますが、「基本再生産数」「実効再生産数」など基礎知識は得られると思います。また、資料[3]には、「集団免疫」の考え方の解説や、感染状況のビジュアル化が示されており、非常に参考になりました。資料[4]には、現状のとらえ方と今後の警戒の引き締め等が分かりやすく書かれています。
■日本国内の状況の理解
上記から基礎知識を得たとはいえ、小生は全くの素人なので、以下の記述には誤解や間違いがあるかも知れません。それを前提で書かせていただきます。「新型コロナウイルス感染症対策専門家会議」の報告[2]とそれに関する優れた解説[3]を読んで、小生が理解したポイントは以下のとおりです。
(1)なんとか持ちこたえている。この感染症を一定の制御下に置くことができている。
(2)国内で感染が確認された人のうち約80%の人は、他の人に感染させていない。
(3)このウィルス実効再生産数は現在0.7程度に抑えられており、これまでの対策が一定の効果を発揮している。
(4)今後、どこかの地域を発端とした感染爆発の可能性もある。継続した警戒、対策が不可欠。
図1に、上記項目(2)と項目(3)の状況をビジュアル化しています。ある集団に、感染者が3名が発生したとします。このうち、例えば感染者(A)は、近隣の3名に感染させ、そのうちの1名はさらに他の人へ感染を広げています。残りの2名はその後他人に感染させることはありませんでした。感染者(A)、(B)、(C)とも、最大でも数名の第三次感染者を出したところで拡大は停止しています。これは、発症に対して、隔離や治療が適切に行われた効果を反映しています。
この図では、感染者のうちで他人へ感染させなかった人の割合は83%になります。また、実効再生産数は0.78であり、上記項目(2)、項目(3)の数値にほぼ合致しています。したがって、本図は、現在の実際の感染状況を理解するのに役立つのではないかと思います。
■感染爆発する状況もビジュアライズ
感染の本格的なシュミレータなど([5][6])も様々作成されています。ここでは、もっと単純に感染状況を可視化したいので、自作することにしました。それには、かって利用していたNetLogo(マルチエージェントモデリング開発環境)[7]を使います。ある大学の情報工学科のブログ記事[8]に、「ないものは作るしかない、ということで(似て非なるものはありますが)、作りました」という言葉があり、それに触発されて作りました。
図1は、作成したプログラムを使ったものです。このプログラム(モデル)の仕組みは非常に単純であり、以下のような枠組みです。
(a)感染者の発したウィルスは、近隣(N,NE,E,SE,S,SW,W,NW)の人に一定の確率(Th1)で達する。
(b)ウイルスが到着した場合、その人は一定の確率(Th2)で感染する。
(c)感染した場合でも、一定の確率(Th3)でそれ以上他人に感染させることはない。
(d)感染までの期間、持続期間や移動による影響などは考慮していない。
(ただし、改訂版アプリ-2020-4-4では、感染者の移動も考慮しました。)
(e)単位時間毎に、感染するかしないかは、単純にパラメータ(a),(b),(c)で決まる。
この図1は、感染対策が行き届いている状況を反映するように、パラメータ(Th1, Th2, Th3)を設定して実行した結果です。つまり、上記で理解した項目(2)と項目(3)の数値に近づくようにパラメータ調整したものです。その結果が妥当であれば、次に、感染対策を怠った(あるいはかなり緩和させた)場合の感染爆発も、これらのパラメータ調整で表現できるのではないでしょうか。あまり確信はありませんが。
■シミュレーションの実行例
以上の検討にもとづき、2つのケースのシミュレーションを行いました。図2は、両方に共通の開始時点の様子です。人口834名の集団に6名の感染者が発生している状態から出発します。
図3は、感染対策が功を奏している場合であり、上に示した図1は、この図の一部です。短いビデオも添付しました。
参考資料
[1]西浦博、稲葉寿:感染症流行の予測:感染症数理モデルにおける定量的課題、数理統計第54巻第2号、pp. 461-480、統計数理研究所(2006)
[2]「新型コロナウイルス感染症対策の状況分析・提言」(2020/3/19)
新型コロナウイルス感染症対策専門家会議
https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/000610566.pdf
[3]浦島充佳:日本で新型コロナが「感染爆発」しない理由(2020/03/19
https://forbesjapan.com/articles/detail/33158/1/1/1
[4]忽那賢志:新型コロナのオーバーシュート(感染者の爆発的増加)を起こさないために我々にできることは?
https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/20200322-00169120/
[5]Marco J. de Vries:Virus2
http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/community/Virus2
[6]Yang, C. and Wilensky, U: epiDEM Travel and Control
https://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/epiDEMTravelandControl
[7]山本富士男:マルチエージェントシステム構築のためのNetLogoを学ぶ
https://sites.google.com/site/yamlabnetlogo/
[8]神奈川工科大学情報工学科ブログ記事「ただいま、仕込み中」
http://blog.cs.kanagawa-it.ac.jp/2020/03/blog-post_19.html
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